Узнал, как копировать в командную строку Windows, теперь у меня всегда командное окно открыто. Протестирую команду, а потом добавляю в бат-файл, где у меня скрипт. Много удобства. Например, вот эта одна строчка умножает попиксельно один мозг на другой:
ImageMath 3 результат.nii m один_мозг.nii другой_мозг.nii